Mata kuliah Ekologi Hutan Wallacea mencakup topik bahasan: Kekhususan Ekologi Hutan Wallacea, Wallacea dan Bioregion Dunia, Penelusuran secara Molekuler Center of Origin dan Radiasi Adaptif Species di Kawasan Wallacea, Ciri Vegetasi Hutan di Kawasan Wallacea, Keanekaragaman Hayati, Endemisme dan Species Penciri di Kawasan Wallacea, Ekologi Sub Kawasan Sulawesi, Ekologi Sub Kawasan Maluku, Ekologi Sub Kawasan Nusa Tenggara, Ekoton dan Ekosistem yang Unik di Kawasan Wallacea, dan Sumberdaya Hutan di Kawasan Wallacea dan masa depannya